物質の物理的および化学的構造に基づく「物質」の定義は、物質が原子で構成されていることである。このような原子物質は、通常の物質と呼ばれることもあります。一例として、デオキシリボ核酸分子（DNA）は、原子から作られているので、この定義の下で重要である。この定義は、原子の定義に明らかに含まれていないプラズマ（イオンのガス）および電解質（イオン性の溶液）を含むように、荷電した原子および分子を含むように拡張することができる。あるいは、陽子、中性子、および電子の定義を採用することができる。
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